Кафедра геологии месторождений полезных ископаемых продолжает традиции научно-образовательной геологической школы академика В.А. Обручева, заведующего кафедрой рудных месторождений Московской горной академии с 1918 по 1930 гг. С 1930 по 1937 гг. кафедра имела следующие названия: «Учение о рудных месторождениях» (1930-1931), «Металлические полезные ископаемые» (1931-1936), «Рудные месторождения» (1936-1937).
С 1930 по 1937 гг. кафедру возглавлял профессор Е.Е. Захаров. В последующем времени кафедрой полезных ископаемых руководили: профессора Б.Л. Степанов (1937-1941), Е.Е. Захаров (1941-1976), В.М. Григорьев (1976-1994), В.Е. Бойцов (1994-2011), А.А. Верчеба (2011-2017). В настоящее время кафедрой заведует профессор П.А. Игнатов. На кафедре получили высшее образование более двух тысяч специалистов в области геологии месторождений твердых полезных ископаемых.
В 1994 г. произошло объединение кафедры полезных ископаемых с кафедрой геохимии, минералогии и геологии руд месторождений редких и радиоактивных элементов в кафедру геологии месторождений полезных ископаемых. Формирование последней связано с решением Министерства высшего и среднего специального образования РСФСР (1963)о переводе кафедры геохимии, минералогии и геологии месторождений руд редких и радиоактивных элементов была из МИЦМиЗ в Московский геологоразведочный институт. Заведующими кафедрой были профессора М.Ф. Стрелкин (1963-1966), В.Н. Котляр (1966-1976) и В.Е. Бойцов (1976-1994). Усилиями преподавателей и сотрудников этой кафедры выпущено много сотен геологов-уранщиков, ставших известными специалистами и руководителями научно-производственных предприятий.
В 2007 г. был открыт филиал кафедры на базе ФГУП «Всероссийский институт минерального сырья имени Н.М. Федоровского».В 2012 г кафедре геологии месторождений полезных ископаемых присвоено имя профессора В.Е. Бойцова.
В настоящее время кафедра выпускает горных инженеров-геологов по направлению "Прикладная геология", магистров по направлению "Геология" и аспирантов по направлению "Науки о Земле". Помимо традиционных, читаются авторские курсы: Минералогия и геохимия урана и золота, Геолого-промышленные типы месторождений урана и золота, Основы недропользования, Палеогидрогеология рудообразования, Современные методы исследования руд и минералов, Минерально-сырьевая база руд редких и радиоактивных металлов, Компьютерные технологии решения геологических задач и др.