Кафедра экологии и природопользования была создана в соответствии с решением Учёного Совета Московской государственной геологоразведочной академии (МГГА) 25 июня 1998 г. Основанием для создания кафедры было открытие в Университете новой специальности – «Геоэкология».
Положительное заключение научно-методического совета по экологическому образованию УМО Университетов России подписал академик РАН В.А. Садовничий (ректор МГУ) и академик РАН Н.С. Касимов. Кафедра была открыта на геологоразведочном факультете, где и просуществовала до июля 2009 г., когда в Университете создали экологический факультет. С этого момента формируется постоянный штат кафедры в количестве 12-13 единиц профессорско-преподавательского состава.
За период с 2004 года на кафедре были подготовлены и успешно защитили кандидатские диссертации А.В. Мазаев, А.А. Голубев, Р.Ю. Жидков, Н.С. Грохольский, В.В. Руковицын, Л.В. Маслова и и др. молодые ученые.
В настоящее время на кафедре работает 13 преподавателей, в том числе 2 доктора наук и 9 кандидатов наук. Кафедра является базовой по подготовке студентов по направлению «Экология природопользование» (бакалавры и магистры) и аспирантов по группе научных специальностей «Науки о Земле и окружающей среде», научная специальность 1.6.21. «Геоэкология».
Подготовка бакалавров ориентирована на проектную и производственно-технологическую деятельность, Подготовка магистров – на научно-исследовательскую и педагогическую деятельность.
Первый выпуск студентов-экологов был сделан в 2003 году. За все время подготовки специалистов-экологов по специальности “Геоэкология”, бакалавров и магистров по направлению “Экология и природопользование” МГРИ окончили более 500 экологов, из них 100 человек – с красным дипломом.