Ключевое значение для подготовки научных и научно-педагогических кадров в МГРИ имеет Отдел сопровождения и подготовки кадров высшей квалификации, который начал работать как отдел аспирантуры с момента образования Московского геологоразведочного института. За это время в нем прошли обучение около 4500 аспирантов. В 1948 году открылся прием в аспирантуру иностранных граждан (Болгарии, Венгрии, Югославии, стран Юго-восточной Азии, Ближнего Востока, Африки и Латинской Америки).
В 1987 году отдел аспирантуры был преобразован в отдел аспирантуры и докторантуры, который принял на обучение первых докторантов. За последующие годы 500 специалистов получили дипломы докторов наук.
В настоящее время в Университете работают 5 советов по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук по 10 научным специальностям геолого-минералогических, технических и экономических наук, возглавляемых крупными специалистами, докторами наук, профессорами.